refactor: remover extensões .md de todos os artefatos — v3.0.0

- 55 arquivos .md renomeados para sem extensão
- Convenção: artefatos de conhecimento sem extensão, scripts (.sh) e dados (.json) mantêm extensão
- Scripts atualizados: gerar-manifesto.sh, atualizar-agente.sh, atualizar-agente.global.sh, gerar-agent-json.sh, verificar-linhas.sh
- Documentação reescrita: AGENTS, README, EXTEND para refletir uso como submodule .agent direto
- manifesto.json regenerado v3.0.0
- Todas as referências internas entre artefatos atualizadas

BREAKING CHANGE: arquivos não possuem mais extensão .md

agents/ag-refatorar/workflows/refatorar-modulo

@@ -127,8 +127,8 @@ refactor(<módulo>): <técnica aplicada>
 
 ## Referências
 
-- Skill: `agents/ag-refatorar/skills/diagnosticar-code-smells/SKILL.md`
-- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/refatoracao-segura.md`
-- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/solid-compliance.md`
-- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/design-patterns-pragmatico.md`
-- Workflow global: `global/workflows/otimizar-codigos.md`
+- Skill: `agents/ag-refatorar/skills/diagnosticar-code-smells/SKILL`
+- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/refatoracao-segura`
+- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/solid-compliance`
+- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/design-patterns-pragmatico`
+- Workflow global: `global/workflows/otimizar-codigos`