refactor: remover extensões .md de todos os artefatos — v3.0.0

- 55 arquivos .md renomeados para sem extensão
- Convenção: artefatos de conhecimento sem extensão, scripts (.sh) e dados (.json) mantêm extensão
- Scripts atualizados: gerar-manifesto.sh, atualizar-agente.sh, atualizar-agente.global.sh, gerar-agent-json.sh, verificar-linhas.sh
- Documentação reescrita: AGENTS, README, EXTEND para refletir uso como submodule .agent direto
- manifesto.json regenerado v3.0.0
- Todas as referências internas entre artefatos atualizadas

BREAKING CHANGE: arquivos não possuem mais extensão .md

agents/ag-refatorar/skills/diagnosticar-code-smells/SKILL

@@ -139,7 +139,7 @@ Produzir relatório no formato:
 
 ## Referências
 
-- Persona: `agents/ag-refatorar/persona.md`
-- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/solid-compliance.md`
-- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/design-patterns-pragmatico.md`
+- Persona: `agents/ag-refatorar/persona`
+- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/solid-compliance`
+- Rule: `agents/ag-refatorar/rules/design-patterns-pragmatico`
 - Refactoring.Guru — https://refactoring.guru/pt-br/refactoring/smells